西汉后期，其中《乐经》已经佚失，其他五种著作俗称“五经”，立有“五经博士”，并收纳弟子员。到了东汉，《后汉书》和《三国志》已经有“七经”的记载，但却没有说明其内容。唐代以《礼记》、《仪礼》、《周礼》取代《礼经》，并将《左传》、《公羊传》、《谷梁传》列为《春秋》三传，改“五经”为“九经”，立于学官，用于开科取士。
到了宋代，宋太祖偃兵息武，重用读书人，奠下儒学复兴的契机。朱熹（1130-1200）是儒学第二期发展最重要的核心人物。在道教传奇人物陈抟（872-989）《龙图易》的影响之下，他综合北宋四子对于大易哲学的“易理派”诠释，以及邵雍（1012-1077）的“象数派”思想，而发展出自己的理学思想体系，同时以之作为基础，编订《四书章句集注》。
当时的儒家经典以既有的九经，再加上《论语》、《孝经》、《尔雅》，为十三经，其内容已经十分庞杂。《大学》和《中庸》原本是《礼记》中的两篇文章，朱熹将之取出，又将《孟子》从“子”部取出，使其列于“经”部，跟《论语》一起合称“四书”，并加以注释。
宋亡于元之后，元仁宗（1825-1320）接受其儒师王约的“兴科举”的建议，于皇庆二年（1313）下诏，以朱熹的《四书章句集注》为所有参加科举考试者的指定用书，并以朱熹和其他宋儒注释的《五经》作为汉人科举考试增释科目的指定用书，确立了儒家思想的正统地位，对中国后来的历史发展造成了重大的影响。
2、“良知理性”的分裂
任何人做一件事，必然有他的意图，也可能有他自己意想不到的后果（unintended consequence）。朱熹之所以会作出这样的调整，主要是因应外在政治和社会环境的变迁：先秦儒学以《诗》、《书》及六艺教授弟子；汉代古今文经学侧重“三纲五常”；到了魏晋南北朝，政治动荡，社会不安，佛、老盛行。魏晋清谈源自易、老、庄三玄；隋唐佛学则是以译经及自造的经典作为基础。在这样的时代冲击之下，朱熹主张通过“道问学”的途径，来达成“尊德性”的目标；希望通过“穷事物之理”，来寻求“理”的客观准则，以建立“理学”，所以决定以“四书”取代“五经”，将先秦儒家思想打造成首尾一贯的“文化系统”，其重点则在于培养儒家的“士”。 |
