首先是为解决传统安全问题应运而生
显示实现综合安全的格局
从国家安全的角度来观察，上海合作组织的安全功能发展也有三个阶段。第一个阶段就是刚刚结束冷战的时候，无论是中国还是与中国交界的几个前苏联国家（俄罗斯、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦），都意识到了一个安全的问题。当时的安全问题，属于传统安全的问题。
六七十年代中俄关系交恶，形成了边境军事对峙的状态。这种状态持续了很多年。而在苏联解体之后，双方的力量对比发生了很大的变化，而从苏联解体出来的几个国家，肯定需要一个相对稳定、相对安全的环境。如果在与中国交界的地区继续保持陈兵百万的状态，他们自己也支撑不了，对这几个与中国接壤的国家本身也很不利。而中国正在开展改革开放，同样需要一个良好的周边安全环境。
因此解决这个问题既是一拍即合的，也是经过多年努力促成的。也就是说，到了一九九六年，实际上是一个水到渠成的时刻。中苏时期的谈判过程，也可以说是一种初步的合作，或者说合作的磨合。这样一些成果继承下来了，然后用上海五国的框架，用法律的形式把它固定下来了。也就是说在冷战刚刚结束的时候，解决的是边境的传统安全（军事安全）的问题。这是最初的考虑，这对相关各国的领导人，当时都是非常重要的任务。当完成了这个任务的时候，可以说大家都松了一口气。
第二阶段从注重传统安全，转向非传统安全问题。老实地讲，上海五国接下去怎么继续走，当时可能大家都没想好。在冷战结束之后，传统的军事安全威胁影响下降的形势下，地区内的非传统安全因素马上冒了出来，对这个地区，对各国的稳定都构成了威胁。
紧接着就是九九年、两千年在乌兹别克斯坦、吉尔吉斯斯坦出现了伊斯兰激进组织“乌兹别克斯坦伊斯兰运动”的问题，更是一下子把大家的关注点吸引到这个领域当中。
准确地说，应该是从九九年开始，上海合作组织的安全领域的合作，由传统安全领域转向了非传统安全领域，特别是反恐合作。
到了二零零一年正式成立上海合作组织的时候，就把《打击三股势力公约》，首先与《上海合作组织成立宣言》，同时推出。可以看出，上海合作组织安全合作的轨迹有这么一个发展变化的过程。
二零零三年是第三个阶段的开始，上海合作组织开始重视这个组织区域内的经济合作，我认为这也体现了对安全观的进一步深化和拓展，是实现一种综合安全的格局。
二零零三年也是胡锦涛主席第一次参加上海合作组织峰会。之前两年发生了九一一事件，美国和北约在中亚的军事存在、打击恐怖主义的势头很大，对整个中亚地区的政治格局冲击很大。而过了两年，大家慢慢开始冷静下来了，对当时的形势开始有比较深入的思考。这种思考和思路可以在胡主席的讲话体现出来。胡主席在二零零三年上海合作组织峰会的讲话中指出，解决恐怖主义问题，仅仅靠军事打击不可能永久见效，还要解决地区贫困和愚昧的问题。因为地区的贫困和愚昧，都是孳生极端主义和恐怖主义的土壤。如果这些问题不解决，当地人民的极端情绪很容易在外来的国际恐怖势力的煽动之下激化，比如甚么“乌兹别克斯坦伊斯兰运动”，甚么“伊斯兰解放党”，很容易把生活得不到保障的民众聚集在他们麾下，和政府作对。所以我认为，这个时候安全领域的进一步合作思路发生了进一步深化。
中亚政局变化剧烈
对上海合作组织产生冲击
到目前为止，应该说上海合作组织的发展进入了一个非常关键的时期，这对上海合作组织今后长远的发展，还有上海合作组织这个机制能否成为一个非常有效率的国际合作组织，是一个非常关键的时期。
而且在这个关键时期，上海合作组织面临很多问题。比如说比较突出的，就是处于中亚各国的政治交接期。政治交接期给政治上带来的动荡风险，对上海合作组织政治互信的基础，是有一定的冲击的。
比如说，在二零零五年，在中亚发生的“颜色革命”。这种现象，实际上是一种混合的、内外因素结合的政治动荡。这种力量在二零零五年的表现，其实是产生了很复杂的一种效果，包括后来在乌兹别克斯坦出的事。结果使中亚地区的政治力量对比，发生了很大的变化。在这之前，美国人可能觉得这是挺好的事情，在格鲁吉亚、乌克兰，更早的还有在南联盟，屡试不爽。美国人认为这是结束所谓“后苏联空间”的一种非常好的方式。这与去年布什一直在倡导的民主改造中东的理念，整个是相吻合的。
但是没有想到，这种势头到了中亚，发生了变异。结果既不像格鲁吉亚，也不像乌克兰，因为中亚太特殊了，是与前述地区有着明显不同的地方，就是这里的政治稳定太脆弱了。在吉尔吉斯斯坦三二四事件发生的时候，当时吉尔吉斯斯坦南方发生的大规模骚乱，不管是当局，不管是反对派，包括美国人，包括斯蒂芬.扬，都没有想到出现那么大规模的失控的场面，我想他们也捏了把汗。
这种事情发生后，对中亚国家像打了预防针一样。不管是乌兹别克斯坦，还是哈萨克斯坦，将要进行权力交接的这些国家，对民主改造就非常的戒备，而且采取了一些很具体、很细致、很有效的方法，来防范这种骚乱发生。
不管怎么说，“颜色革命”给整个中亚的政治更迭期带来了更多的复杂因素，而且这个政治更迭期还没有结束。实际上哈萨克斯坦还没有彻底解决这个问题，后面还要看。而乌兹别克斯坦、吉尔吉斯斯坦，恐怕是这些国家中风险度比较高的国家。
像这种情况，对上海合作组织肯定会造成一定的冲击。
这是一种挑战。如何面对这种挑战，也是我们大家所关心的，是我们需要思考解决的问题。
陈学惠：“上合”行动能力需要加强
受到观念、地缘等多种制约
有很多值得总结的地方
我想说这说几个观点。上海合作组织的成立和运作，从战略谋划的角度来看，是非常值得肯定的。第一，这是中国外交战略“有所作为”思想的实际体现。
第二，这是善于抓住机遇的战略运筹艺术的出色实践。试想，如果在“九•一一”之后再来谋划这件事，我估计成不了。
第三，这是冷战结束以来，我国经略周边的外交大手笔，付出的战略成本不高，收到的战略效益却非常明显，非常大。评估我国西部安全的效益，不能就西部谈西部。如果我们在中亚地区没有一个安全机制，如果我们在稳定地区形势上没有这样一个杠杆，那么，我们会被牵扯多少精力？我们还能投入多大的力量经营东部安全？
第四，这是我国国际战略理念的突破。前推若干年，我们对中国能不能倡导建立安全机制，既没有思想准备也没有理论准备。上海合作组织的成立，是一个战略性的突破。正因为有了这个成功的突破，接下来就有了“东盟十加一”、“东盟十加三”概念，又有了朝核问题的“六方会谈”对话机制，这个机制也许会向东北亚安全机制转化。
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