第三至七章就罪行方面提出建议，涵盖五大类危害国家安全的行为和活动。大部分建议是完善现行法律；此外，我们亦建议按香港特区实际情况和需要，新增一些罪行，以有效防范、制止和惩治各类危害国家安全的行为和活动。该五章涵盖的罪行类别包括：
第三章：叛国及相关行为。我们的建议是完善现行《刑事罪行条例》第I、第II部及普通法，将与叛国相关的罪行纳入新订立的《条例》。完善的范围包括将不合时宜的部分删除或修改，例如一些以前被殖民统治时期所用的提述，以及纳入一些需要防范的叛国及相关行为，例如危害国家安全分子接受或参与涉及境外势力的操练。
第四章：叛乱、煽惑叛变及离叛，以及具煽动意图的行为。我们的建议是完善现行《刑事罪行条例》第II部，将这些罪行纳入《条例》。
完善的范围包括调整“煽惑离叛”罪涵盖的煽惑对象，由只涵盖煽惑警务人员、政府飞行服务队成员及辅助警察队成员，扩阔到负责制订及执行政策、维持公共秩序、管理公共财政、维护司法公正，以及具有针对政府部门的法定调查权力的公职人员等。
同时，我们亦建议仿效其他国家的法律，引入“叛乱”罪，处理危害国家主权、统一或领土完整的“暴动”行为，或属一个中国内的严重内乱甚至武装冲突。
第五章：窃取国家机密及间谍行为。我们建议完善《官方机密条例》相关条文，以保护与国家或香港特区有关的秘密事项，免受窃取或非法披露；并遏止间谍以及勾结境外势力，意图危害国家安全的行为。
就“保护国家秘密”，我们建议在新订立的《条例》中详细定义“国家秘密”，以及就保护国家秘密订立相关罪行，包括“非法获取国家秘密”、“非法管有国家秘密”及“非法披露国家秘密”。
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