这种表述方式使中共大为不满，因而对李登辉展开“文攻”、“武吓”，弄得两岸关系十分紧张。我对李登辉主政时期国民党所搞的“黑金政治”本来就很有意见，因此出版了一本《民粹亡台论》，批评当时号称“民主之父”的李登辉，其实根本是在玩弄“民粹”，万一擦枪走火，便很可能把台湾带入万劫不复的境地。
言者谆谆，听者藐藐。据说李登辉当时对这本书的反应是：“不理他”，依然我行我素，要带领台湾，“走出自己的路”。翌年台湾举办第一次“总统”直选期间，海峡两岸爆发了飞弹危机。结果李、连两人以百分之五十四的选票当选为“中华民国”第九届正、副总统，中共反倒成为李登辉“最有力的助选员”！
1998年6月30日，美国总统柯林顿访问中国，并在上海明白揭示“三不政策”，即不支持台湾独立，不支持“一中一台与两个中国”，不支持台湾参加以国家为主体的国际组织，使台湾的国际处境更为艰难。
1998年“国安局”研究报告
为了因应这样的局势，1998年8月，李登辉要求“国家安全局”成立“强化中华民国主权地位”小组，由蔡英文担任召集人，研究“中华民国”主权如何与中共的“一个中国”脱，并于1999年5月完成研究报告。在该份报告的“前言”部分，即明确定位两岸至少应为“特殊的国与国关系”。研究报告建议：以分阶段的方式，逐步落实修宪、修法与废除国统纲领三大主轴。修宪的部分，包括：增修条文的前言改为“因应国家统一前”：订定增修条文，冻结“宪法”第四条“中华民国领土，依其固有之疆域，非经国民大会之决议，不得变更之”，改为“中华民国领土为本宪法有效实施地区”。并且增订公民投票的法源，使有国家前途的重大决议，皆须经全体国民同意。
修法的部分，则将所有法律中有关“自由地区”、“台湾地区”、“大陆地区”等名词改为“中华民国”与“中华人民共和国”。例如，“国安法”、“国籍法”、著作权法等，都有指称“中华人民共和国”为“大陆地区”的条文，这些都将重新改正。
对于有损“中华民国”国际法定位的法律条文，研究小组也列出了详细清单，一一予以检讨，并且主张经由修法加以调整。在现行法律方面，与两岸关系直接有关的法规，就有“台湾地区与大陆地区人民关系条例”及其施行细则、“大陆地区人民进入台湾地区许可办法”、“大陆地区人民在台湾地区定居或居留许可办法”等，修正后可以完整地保障“中华民国”为一“主权国家”的事实。
研究报告也建议，政府部门对外文告与国际说帖，应遵从新的定位概念，有关“中共”、“两个政治实体”等用语，将通盘修正为“中华人民共和国”、“两个国家”。
研究小组并指出，类似“一个中国”、“一个中国就是中华民国”、“一个分治的中国”、“一国两府”、“一中各表”、“台湾是中国的一部分，大陆也是中国的一部分”，未来应该减少使用，甚至波兹坦宣言、开罗宣言都对台不利，都应加以回避。
研究报告特别指出，台湾经过1991、1992年修宪，并于1996年由人民选出“总统”后，“中华民国”与中华人民共和国共存于世只，“中华民国”并不拥有中国大陆的主权，中华人民共和国的主权也不及于台湾，未来两岸的政治谈判应该在此基础上进行。至于国统纲领等重要的中国政策文件，研究案建议：以数个阶段慢慢处理，先尽量不提国统纲领，未来再废除国统纲领，改以“两岸纲领”取代，并以“终局解决”取代“统一”。
“特殊国与国关系”
1999年7月9日，李登辉在接受“德国之声”专访时，告诉来访的德国记者：1949年中共成立以后，从未统治过“中华民国”所辖的台、澎、金、马。“我国”并在1991年修宪，增修条文第十条将“宪法”的地域效力限缩在台湾，并承认中华人民共和国在大陆统治权的合法性；增修条文第一、四条明定“立法院”与“国民大会”民意机关成员仅从台湾人民中选出，1992年的宪改更进一步于增修条文第二条规定“总统”、“副总统”由台湾人民直接选举，使所建构出来的“国家机关”只代表台湾人民，“国家权力”统治的正当性也只来自台湾人民的授权，与中国大陆人民完全无关。
1991年修宪以来，已将两岸关系定位在“国家与国家”，至少是“特殊的国与国关系”，而非一合法政府，一叛乱团体，或一中央政府，一地方政府的“一个中国”的内部关系。所以北京政府将台湾视为“叛离的一省”，完全昧于历史与法律上的事实。也由于两岸关系定位在“特殊的国与国关系”，因此没有再宣布台湾独立的必要。
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