2004年，捷克与斯洛伐克在分离12年后会合于欧盟和北约。随着2007年12月两国同时加入《申根协定》，在共同边境上的护照检查取消，两国公民可以完全自由地出入边境。生活和教育水平相对较低的斯洛伐克人优先选择去捷克学习、工作和定居，他们在那里享受几乎与捷克人同等的待遇。如今大约有20万斯洛伐克人生活在捷克，大约有3万捷克人生活在斯洛伐克。
一个有趣的现象是，斯洛伐克裔捷克人甚至斯洛伐克人可以在捷克担任重要职务，比如安德烈·巴比什在2017—2021年担任捷克总理，古斯塔夫·斯莱梅奇卡在没有捷克公民身份的情况下在2009—2010年担任捷克交通部部长。
在经济方面，捷克与斯洛伐克是重要的经贸合作伙伴。2022年，斯洛伐克是捷克第二大出口目的国和第四大进口来源国；捷克则是斯洛伐克在欧盟框架内仅次于德国的第二大贸易伙伴。捷克还是斯洛伐克第三大投资来源国。在军事方面，两国签署了《领空相互保护合作条约》，允许一国的军用飞机保护另一国的领空。
在捷克与斯洛伐克独立30周年之际，时任斯洛伐克总理的爱德华·黑格尔曾表示：“我们在走上独立道路后再次在欧盟相遇，作为伙伴的我们具有强烈的兄弟情怀，既可以向其他国家展示团结合作，也能对它们产生积极影响。”据近年来多次民调结果，捷斯两国民众都将对方视为世界上最亲近和最值得信任的民族。
你的“橡树” 我的“威胁”
在19世纪初捷克与斯洛伐克民族复兴运动中，出现了泛斯拉夫主义思潮，强调捷克人和斯洛伐克人属于大的斯拉夫民族共同体。俄罗斯是最强大的斯拉夫民族，同时也是唯一独立的斯拉夫国家，当时被认为是“斯拉夫橡树”——可以保护捷克人和斯洛伐克人分别抵御哈布斯堡王朝内的德意志化压力和匈牙利化压力。不久之后，捷克又出现了新的斯拉夫主义——奥地利斯拉夫主义，只限于与哈布斯堡王朝框架下的斯拉夫民族合作以提高民族地位。
斯拉夫主义最终没能在捷克转化为与俄罗斯的实质性政治联系，但在斯洛伐克产生的亲俄情结得以延续，这主要缘于卢德维特·什图尔对斯洛伐克民族语言和文化认同发挥的重要影响力。什图尔是斯洛伐克书面语的规范者，斯洛伐克民族复兴运动最著名的领导人，在1856年去世前完成了著作《斯拉夫主义与未来世界》，书中这样写道：“对于所有在19世纪没有独立国家地位的斯拉夫人（包括斯洛伐克人）来说，最佳且唯一有意义的选择是与俄国在语言、文化和宗教上统一。”
此外，社会主义时期给捷克人与斯洛伐克人留下的历史记忆也迥然不同。在第一次世界大战以前，捷克地区的工业化与城市化进程已经达到很高水平。在社会主义时期，捷克斯洛伐克逐渐从欧洲工业最发达国家之一向发展中国家行列靠拢，经济衰退和生活水平下降对捷克人造成极大消极影响。1968年8月华约军队武力终止“布拉格之春”改革进程，苏军随后长期占领捷克斯洛伐克。1968至1989年“正常化”时期开展的大规模政治清洗，更在捷克民族意识中留下深刻印记，对苏联（俄罗斯）的不信任感以及认为苏联取代德国成为最大安全威胁的看法，从此在不少捷克人心中根深蒂固。
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