全球跨国种业巨头目前已进入“常规育种+生物技术+信息化”的育种“4.0时代”，实现了优良基因性状定向聚合的智能化设计育种。中国种业尚处在以杂交选育为主的育种“2.0时代”，育种效率差距明显。
中国种业目前存在的主要问题如下：1、种源“卡脖子”。虽然在中国主要农作物中大部分种子为自产，但玉米、马铃薯等种子部分依赖进口。高端品种的蔬菜种子以进口为主。品种同质化现象严重，种业自主创新能力不足；2、基因编辑技术原始专利大多被国外控制；3、种质资源保护利用不够。农业种质资源普查收集不全、保存保护乏力、共享机制不畅；4、产业集中度太低，多、小、散、弱格局未能得到根本改变。5、科研与市场“两张皮”，存在科研与市场脱节、品种审定与市场严重脱节、院校企研究“各自为政”问题；6、种业管理跟不上。个别县市区种业管理处于无机构、无编制、无专人的“三无”状态，形成管理真空。人才流失严重。付出与薪酬不匹配，大学毕业生“不愿进、留不住”。
中国现有持证种业企业7200多家，但产值才1200亿元，平均不到2000万元。具备原始创新能力的企业更少。有的种业企业只是将已推广的良种稍微改变一下性状，就当作新品种推广，造成市场上种子同质化育种现象严重。刚推广一个新品种，马上就有仿制的。因此企业对新品种投放市场顾虑重重。
中国种业与发达国家的差距首先是种质资源引进挖掘不够。中国大部分是本土资源，而且鉴定利用不足，导致了育种的遗传基础选择空间小。在种质资源的收集利用方面，中国种质资源主要来自国内，保存在科研单位和企业，约80%的种质尚未充分鉴定；而美国约四分之三的种质资源来自全球，企业是种质保存、鉴定、利用的主体，实现了资源充分利用。
加快中国种业发展，必须从重视知识产权入手。推进种业全链条知识产权保护，是对种业创新者核心利益的有力保护，是对增强国家种业竞争力的重要支持。
长期以来，中国种业始终未能走出一个怪圈。中国拥有全球人数最多的种业科研队伍，同样拥有保存数量全球第二的种质资源，科研人员发表了全球数量最多的育种论文，生物育种专利申请量也排名全球第一。但与此同时。“国内种企研发投入总和不及拜耳一半”的尴尬局面始终未能改变，以至出现“外国种子论粒卖，中国种子按斤卖”窘境。中国种业基础研究的能力世界一流，选育出优质品种的能力却未能达到同等水平。“种业论文强国”为何未能助力造就“种业强国”，“种业专利大国”为何与“种业强国”无缘？
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