大型石材体积较大，沉重无比，不仅装卸困难，且运输难度极大。《两宫鼎建记》记载：“三殿中道阶级大石长三丈、阔一丈、厚五尺。派顺天府等八府民夫二万，造旱船拽运。派同知、州判、县佐贰督率之。每里掘一井以浇旱船、资渴饮。计二十八日到京，官民费计银十一万两有余。”这里的旱船是指运输石料的大车，只能在冬季进行拖运，因为严冬结冰时，沿途每里挖一口井，以井水浇路结冰，由军夫、民夫拖运装载巨石的大车，即旱船，在冰上缓慢移动，一路拽运至工地。从房山大石窝到北京城140里，这样的运输方式，每天行程约4到5里，需花费近1个月时间，耗时费力，艰难可见一斑。
对于采自外地的石材，因距离较远，大多利用运河运输。江苏徐州、河南浚县等地的花斑石就是通过大运河运至北京的。徐州出产的花斑石，由漕船经御河北上，进入北运河到达通州；产于河南浚县的花斑石则经卫河进入御河，沿途北上到达通州。《万历顺天府志》记载，通州张家湾有花斑石厂，这些花斑石经水路运来，运至通州张家湾码头后卸船，暂存在花斑石厂，然后根据需要运到营建工地。
石料运输在时间安排上选择在冬季进行，除了冬季路面坚硬，便于冰化路面之外，还因为春夏之际往往农事繁忙，此时征调民夫对农业生产不利。
石料运至北京城各处工地后，工部派遣官员专门负责验收。“大料运至西长安，夕，交卸，小料运至内西华门外河边交卸，灰石作会收，令石匠成造，然后用人夫运进宫殿。”至此，付出了巨大努力运输到京城的石料才进入建筑使用环节。
当时的砖瓦，除了琉璃瓦在京西烧制外，还大量使用了山东临清等地的优质砖料。据临清《缮部题名记》载：“国家营建，工恒需于陶，陶恒于要会地。临清故要会，吞汶、济、漳、卫诸水，建瓴沧渤，樯舰蔽流而南北者，盖猬毛集也，因北舰之集，而以所陶附之北输，于输便，临清建砖厂陶焉。”
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