第一，从保护的客体来看，生态环境范围涵盖极广，不仅仅指传统意义上的环境污染治理案件，还包括生物多样性等生态保护、资源开发利用、气候变化应对、环境治理与服务等多种类型的案件。这些领域发生的公益诉讼，均属于环境公益诉讼的范畴。
第二，牵涉利益多元。环境公益诉讼涉及刑事、民事、行政责任的统筹协调。环境公益诉讼所保护利益不仅包括对个人人身、财产权益，更多关注社会公共利益和生态环境价值。人民法院在审理因同一污染环境、破坏生态行为导致的刑事、民事、行政和公益诉讼案件时，需要法官进行利益价值衡量，注重发挥刑事审判的震慑和教育功能、民事审判的救济和赔偿功能以及行政审判的预防和监督功能。统筹考量待决案件中所涉及的各种利益，坚持依法保护、平等保护、按序保护、协调保护的原则，妥善平衡各种利益之间的冲突，实现国家利益、社会公共利益和人民群众合法权益的统筹保护。
第三，审理程序特殊。民事公益诉讼多元化主体决定了程序规范上相较于普通民事诉讼有一定特殊性。比如，对于人民检察院来说，其只有在法律规定的机关或者有关社会组织不提起民事公益诉讼时，才可以起诉。为维护社会公共利益、兼顾被告的程序利益，法庭辩论终结后，在案件事实已经查清、具备判决条件的情况下，原告申请撤诉的，不应予以准许；但因行政机关履行职责而使社会组织诉讼请求全部实现时，原告可以申请撤诉。
第四，事实查明专业。环境公益诉讼案件因为归责原则、构成要件判断、专业问题查明等裁判规则具有特殊性，不同于传统案件。往往引入鉴定、评估或者专家辅助人，加强对专业事实的查明。对于审理环境民事公益诉讼案件需要的证据，人民法院认为必要的，应当依职权调查收集。对于应当由原告承担举证责任且为维护社会公共利益所必要的专门性问题，人民法院可以依职权委托具备资格的鉴定人进行鉴定。还可以依申请通知有专门知识的人出庭，就鉴定人作出的鉴定意见或者就因果关系、生态环境修复方式、生态环境修复费用以及生态环境受到损害至恢复原状期间服务功能的损失等专门性问题提出意见。
第五，具有一定职权色彩。对于环境公益诉讼案件，法院在居中裁判的基础上，具有适度的职权性。人民法院鼓励和支持社会组织依法提起环境民事公益诉讼，在法律范围内对其主体资格条件进行扩张解释，落实各类保障支持措施，提升社会组织起诉的积极性和专业性。
比如，在原告诉讼请求不足以保护公共利益时，要给与释明变更或者增加；不允许原告随意撤回起诉；对于调解要给予是否损害社会公共利益的审查，同时要公告，征询社会公众意见。在《诉讼费用交纳办法》的框架内尽量减轻原告的诉讼费用负担。原告交纳诉讼费用确有困难，依法申请缓交诉讼费用的，人民法院应予准许。在案件胜诉时，原告为该案件支出的检验、鉴定费用，合理的律师费以及为诉讼支出的其他合理费用等应由被告承担。
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