邱世卿提到，过去基于两岸善意，中国大陆基本上还是尊重在经济海域或者传统海域上两岸双方各自管理，彼此尊重对方在法律位阶的治理权。但这个尊重在最近“海巡署”执法争议下，平衡被打破。
他说明，金厦水域治理权本来是依靠两岸双方协商、善意和提出各自原则，透过谈判划定彼此管理或者管辖的区域。但自从蔡英文上台后，协商管道已经中断，导致各自执法。过去之所以没有问题，是因为双方海上执法单位都保持相当克制，但这并不是在默契或善意形成的，所以一旦发生争议事件，容易导致现状改变。
邱世卿指出，在这次金厦水域事件中，可以发现大陆逐渐抹除了以往基于善意、彼此尊重的执法线，这后续一定会产生更多纷争。未来可能不仅在金门、厦门或者马祖、福州水域的执法，甚至涉及整个台湾海峡范围。去年大陆已经示范了一次联合警巡，3月1日也宣布展开“净海2024”查缉走私专案行动，范围也在台海，未来大陆海警在拦检上若遇到台湾海巡舰艇，双方在海上对峙时应该如何解决？
邱世卿说，在上述情境下，如果台湾不尽快释出善意，并将双方海上执法的界定范围确立，恐怕埋下未来彼此在海上执法冲突的种子。若台湾海巡呼叫海军出动军舰支援，很快就会升级为双方军事对峙，态势会从保障执法权的对峙演变为保障“主权”的对峙，很容易引发军事冲突。而两岸双方军事力量相距甚远，对台湾而言相对不利，对台海的和平稳定同样是负面效应。
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