根据《草案》说明，驻港国家安全公署应当与香港特区维护国家安全委员会建立协调机制，监督、指导香港特区维护国家安全工作。黎沛文强调，驻港国家安全公署的工作部门与香港特区维护国家安全的执法、司法机关建立协作机制，加强信息共享和行动配合。就此可见，由于国家安全涉及主权、外交、国防、情报等众多范畴，为免出现情报信息沟通不畅、协调不力等问题，各责任主体的实际执法工作中的有效配合十分重要。相信设置驻港国家安全公署的立法目的之一，就是希望实现以“统分结合”“协调高效”为原则建立起香港国家安全工作协调和咨询机制，实现各责任主体之间以及执法机关与香港社会之间的相互配合、相互协助共同完成维护国家安全任务。
根据全国人大常委会法工委的说明，香港国安委主要负责香港维护国家安全事务，承担维护国家安全的主要责任，并接受中央人民政府的监督和问责。其具体组成方面，由行政长官担任主席，成员包括政务司司长、财政司司长、律政司司长等特区政府主要官员。同时，《草案》亦明确香港国安委将设立国家安全事务顾问，由中央人民政府指派，就香港国安委履行职责相关事务提供咨询意见。
黎沛文指出，这说明维护和实现香港国家安全并非中央和驻港国家安全公署的“独角戏”，香港特区以及特区各职能机关也是重要责任主体，尤其是行政长官作为香港特区的首长在维护国家安全事务上负有首要责任、扮演重要角色。香港国安委的设置将能为各责任主体维护香港国家安全工作的协同联动提供制度支撑。在此机制下，中央与香港特区、驻港国家安全公署与香港特区各执法机关和职能部门可围绕香港的国家安全工作建立联系，既各司其职又通力合作，在应对和处理香港国家安全问题上实现协同推进、整体合力。
在国安案件的审理方面，《草案》规定了由行政长官指定若干名法官负责。黎沛文认为，此项规定的设置，是考虑到了法案所重点规范的分裂国家、颠覆国家政权、恐怖活动、勾结外国或者境外势力等妨害国家安全罪行往往涉及主权、政权、外交等议题，且具有复杂、敏感、涉密、对审判机关的专业性要求较高等特点而作出的。此外，由本地法官审理国安案件也是“港区国安法”与香港当地法制与经济社会发展实际情况相衔接和协调的一种制度体现。“一国两制”下香港特区最大程度地保留了回归前的原有法制，且享有司法终审权，司法独立是其司法传统中的核心价值理念。由本地法官在香港本地组成独立法庭对国安案件进行审理，既是对“一国两制”下香港特区司法权的尊重，同时也能兼顾好对香港司法权威和法治传统的维护，确保相关案件得到公平公正的审理。
黎沛文还提到，在维护国家安全事务上，中央政府负有根本责任，而香港特区亦有其重要宪制角色和责任，二者是落实香港维护国家安全工作的共同责任主体。本次“港区国安法”的制定将进一步明确中央和香港特区围绕此目标具体职责和分工。中央和特区在履行职责维护香港国家安全过程中，均应遵循尊重和保障人权、无罪推定、程序正义等重要法治原则。
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