相比化学武器和核武器方面的裁军机制，《公约》缺乏确认缔约国遵守情况的机制和独立的国际机构来推动相关工作，导致其效力受损。为此，《公约》各缔约国曾试图建立约束性更强的核查机制。
2001年3月，《公约》缔约国特别小组提出一份长达210页的核查机制草案。当年7月，美国不顾各方共识、单方面拒绝通过该草案，并退出核查议定书多边谈判，导致谈判进程中止。美国声称，核查机制不会改善《公约》的遵守情况，还会损害美国的国家安全和商业利益。此后，美国一直一意孤行，并多次阻挠谈判重启。至今，尽管存在压倒性共识，《公约》缔约国始终未能重启核查议定书多边谈判。分析人士表示，美国的相关做法破坏了国际社会长期以来为防止生物武器扩散而做出的努力，对比美国对伊拉克和其他敌对国家所谓拥有生物武器的指控，美国的做法明显是双标行为。
除信任措施机制效果不佳、核查机制尚未建立外，《公约》在机构建设上也较为落后。如前文提到的“执行支助股”，祗有3人，预算比一家连锁快餐店还要少。相比之下，禁止化学武器公约组织约有500名雇员，国际原子能机构约有2600名雇员，全面禁止核试验条约组织筹备委员会约有280名工作人员。此外，《公约》还面临核查生物武器的技术挑战、财政状况不佳等问题。
美无视《公约》约束
美国本应带头遵守《公约》规定，与其他缔约国一同解决《公约》面临的一系列问题，以彻底消除生物武器给人类社会带来的巨大威胁。然而，美国不仅在《公约》机制建设方面采取不负责任的做法，其种种生物军事活动可能已经违反《公约》相关规定。
在俄罗斯最近提交联合国的一份美国专利文件中，描述了一种“毒蚊空中释放系统”，由无人机将大量携带病原体的蚊子运送至特定区域，释放蚊子致使特定人群感染烈性传染病，从而达到“低成本传播致死性疾病”并使对方瘫痪的目的。文件还强调，一旦“调整或清除法律限制”，该技术可立即用于军事用途，成为比现有最先进的武器更为有效的工具。俄罗斯防辐射、化学和生物武器部队在乌克兰实验室获得的原始文件也表明，乌克兰境内的几十个实验室在五角大楼的指导和资助下开展军事生物研究。尽管美国国务院此前在社交媒体上表示，美国在乌克兰没有化学和生物武器实验室，但此后不久，美国国家安全政策专家大卫·马丁就对媒体表示，他已与五角大楼官员确认，乌克兰境内的实验室正在对用于生化武器的致命病原体进行研究。
不仅是在乌克兰，美国在其他国家也建立了大量实验室，用于研究致命病毒。据韩国《统一新闻》报导，2009年至2014年，驻韩美军的4个实验室进行了16次炭疽杆菌试验，而韩国炭疽疫情一直不断。
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