中央的全面管治权和特区的高度自治权是统一关系，任何情况下都不能将两者割裂与对立起来。特区的高度自治权不是固有的，不是完全自治，也不是分权，其唯一来源是中央授权，本质上属于“授权性权力”，中央授予特区多少权力，特别行政区就享有多少权力，没有所谓的“剩余权力”。对于特区的高度自治权，中央具有监督权力。
回归以来，中央政府用好宪法和基本法赋予的权力，先后任命历任行政长官和历届特区政府主要官员，行使基本法解释权、重大事项决定权、特区法律备案审查权、全国性法律在特区实施的决定权等，对港澳特区实行了有效的管治。而在特区内部，形成行政主导的权力关系。行政、立法、司法机关依照基本法和相关法律履行职责，行政机关和立法机关既互相制衡又互相配合，司法机关依法独立行使审判权。
五、核心内涵与制度保障的关系
在制度上，深刻把握“一国两制”实践规律，必须用制度保障“一国两制”核心内涵的落实。“一国两制”理论提出后，在处理香港回归问题上得到首先运用。1982年宪法修改中加入第31条特别行政区条款，以及1990年制定的《香港基本法》与1993年制定的《澳门基本法》将“一国两制”内涵具体落实到制度上，从此，由宪法与港澳基本法奠定起港澳新的宪制秩序。自此，中央和特区政府严格依照宪法和基本法办事，坚持依法治港治澳。
而随着“一国两制”实践的深入及对其内涵认识的加深，各项制度也逐步得到完善。例如，通过主动释法遏制和反对“港独”行径。针对香港特区第六届立法会议员宣誓过程中极少数候任议员宣扬“港独”等违法言行，2016年11月7日，第十二届全国人民代表大会常务委员会第二十四次会议表决通过了关于香港基本法第104条的解释，明确依法宣誓的含义和要求，为依法取消有关人员的立法会议员资格提供了明确的法律依据。澳门特区依据全国人民代表大会常务委员会有关释法精神，主动在立法会选举法中增加了“防独”条款。
针对香港发生的2014年“占中事件”与2019年“修例风波”导致的社会管治危机，习近平主席提出“三条底线”：任何危害国家主权安全、挑战中央权力和香港特别行政区基本法权威、利用香港对内地进行渗透破坏的活动，都是对底线的触碰，都是绝不能允许的。并具体提出“三个坚定不移”：中国政府维护国家主权、安全、发展利益的决心坚定不移，贯彻“一国两制”方针的决心坚定不移，反对任何外部势力干涉香港事务的决心坚定不移。为彻底扭转香港社会的发展方向，必须坚定落实“爱国者治港”原则，特区的管治权必须牢牢掌握在爱国者手中。为此，制定实施了《香港国安法》、完善了香港特区选举制度、支持特区完善公职人员宣誓制度等，从而迎来香港特区拨乱反正的转折点。 |
