台北地检署上诉的9大理由如下：
一、台北地院于本案直接证据历次会议及内部谈话录音档、录音译文之证据评价，取舍标准不一，采证法则自相矛盾。
二、台北地院割裂起诉事实之架构，不采整体观察，且倒置交易过程之因果关系，或将原连结不当之交易条件分拆检视，省略众多事实不提，使交易案及交易条件看似单纯，认事用法明显违误。
三、台北地院采用商业判断法则，但全然未提出商业判断法则之适用要件及标准，依三中案事证，并参酌司法实务之商业判断法则要件，三中案无法适用商业判断法则。
四、台北地院对于交易案是否符合营业常规之标准回异于司法实务，虽认为应检视交易是否符合公司取处程序及内控规范，但于明确违反公司取处程序及内控规范之情况下，却又认为未“严重违反”应行程序，而未违反营业常规。
五、台北地院混淆被告马英九动机与主观犯意，将马英九所辩遵守政府法律政策，作为三中案非常规交易行为之正当理由。
六、台北地院于三中案中采取回避审查交易实质之立场，而以形式外观检视交易案之合法性，与司法实务见解有关非常规交易之认定标准歧异。
七、台北地院在三中案的各个交易行为评价标准不一。
八、三中案证据资料甚繁，并有案发当时整体交易过程之录音档及录音译文，而三中案相关争点，除卷内事证，检察官更以共计61次提出补充理由书，并指出卷证所在，但一审判决无罪理由与卷内事证相违，回避说明义务。
九、台北地院逸脱起诉书及契约文件等书面证据及被告辩解，自行创设概念，并径行认定不用适用公司取处程序及内控规定之情况。 |
