双方死伤人数到底有多大？台独人士以“大屠杀”称呼二二八事件。死伤人数一直是二二八事件的争论议题，有意或无意夸大死伤人数者有之，以彰显二二八事件之悲惨；夸大抗争经过者有之，以彰显抗争群众之英勇或塑造英雄。
一九九一年一月十七日，“行政院研究二二八事件小组”成立，负责撰写研究报告。一九九二年李登辉政府提出的《行政院二二八事件研究报告》列举〈陈宽政人口学推计〉，一九四六年台湾并无精确的死亡人数统计，一九四七年死亡人数十一万四一九六人，一九四八年死亡人数九万五三四○人。一九四七年是二二八事件发生年度比一九四八年的死亡人数多了一万八八五六人，所以二二八事件被“假想”南京民国政府军“屠杀的在一万八千人至二万八千人之间”。
由于陈宽政用人口学推估的数字太没有根据，以致《时报文化》正式出版《二二八事件研究报告》时，并未将该资料列入该书内容。报告正文中也正式提到，“以人口学推估死亡人数固是一法，但也有其限制，盖当时适值战后复原及户籍制度更替（国人自日人手中接办）之际，资料非常紊乱，纵然推估出一些数据，仍无法确定纯为二二八事件的死亡人数”，结论之处则强调，该报告并未能对二二八事件的伤亡人数做出精确统计。
曾任《行政院二二八事件研究报告》的总主笔赖泽涵日后在接受媒体访问时指出，有关死亡人数，现在没有人可以提出精确数字，他自己认为“数以千计”较为合理。当时担任该研究报告的审议委员，也是“中央研究院”院士的胡佛认为，当年官方对二二八的伤亡统计，较这种人口学推估要准确许多。白崇禧的宣慰报告当中，包含军警与台籍人士，死伤总计一千八百六十人。杨亮功与何汉文联名提交的报告中，死伤人数也在两三千人之谱，甚至公务员及军警死伤比台湾民众严重，他认为二二八受难人数，“绝对没有那么多，这是完全夸大！”。
蔡正元在其《台湾岛史记》中说，依照二二八事件的经过来看，陈仪有机会“屠杀”的时间只有三月八日至四月七日，不在这段时间死亡、而要硬归入跟二二八事件有关，实在很牵强。死亡人数的谎言很容易戳破，林爽文事件和余清芳事件到现在都还找得到百人冢，二二八事件发生时间离现在这么近，却连个十人冢的影子都无，哪来的上万的死亡人数？
一九九四年二月台湾省文献委员会就出版《二二八事件文献补录》，依据“行政院二二八研究小组”研究报告、户籍记载、以及访问纪录，耆老座谈，坊间著作，学术界研究等有关资料，予以汇整的全省二二八事件死亡八五○人，失踪一七三人，合计一○二三人，应是官方首次就二二八事件死亡、失踪人数较为完整的报告。台湾省文献委员会汇整的死亡、失踪合计一○二三人（按：内有属于白色恐怖受难者，与二二八事件无关）与目前实际申请赔偿之死亡、失踪人数八百多人相当接近，可以看出当时台湾省政府已不忌讳追求二二八事件真相，可惜不被相信。
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