不少韩国民间团体近年来已多次对此表示抗议，呼吁全面修改《驻韩美军地位协定》或废除部分条款，同时要求韩国政府展开独立调查，并最终关闭驻韩美军生化实验室。2019年年底，韩国国防部和驻韩美军司令部召开记者会向公众说明“半人马”计划时，就曾遭到釜山市民强烈抗议。釜山南区对策委员会负责人表示，除了关闭生化武器实验室，该问题没有其他解决办法。
尽管驻韩美军生化活动在韩国遭到民众强烈反对，但韩国政府一直对此采取低调处理方式。比如在前述“误送”事件中，韩美在事发2个多月后才组成联合调查团首次进行了现场调查。
据韩媒报道，“半人马”计划在今年9月结束后将转为新的“综合早期预警机制”，这意味着美军生化项目还将继续。分析人士认为，受韩美同盟关系影响，韩国政府在处理美军生化实验室问题上时受到许多制约，而来自民间的抗议和反对声音却在日益高涨，相关争议或将长期持续。
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