综上所述，吕小庆认为，中日关系问题主要出在日本自身和向中国“问题供给侧”一方，而不是出在“问题承受方”中国一侧。
第一，他不完全赞同由于日本不接受被中国赶超（2010年GDP总量）而激化了中日固有矛盾并引发新问题的观点，这既与事实不符，也与基本逻辑相悖，更是对中国人民艰苦奋斗取得辉煌成就的变相不尊重。2001年中国GDP不到日本一半，以小泉参拜靖国神社为焦点的中日历史问题已经惊涛骇浪，更早前围绕李登辉窜访日本，中日台湾问题已经开始出现端倪。印度GDP超过宗主国英国后，印英关系会发生颠覆性的变化吗？这是不可能的。
第二，他不赞同中日关系恶化的核心是日本不能正确看待中国发展、不接受中国迅速强大的心态问题。本质是日本自身发展出了问题，继而“把气撒到”中国头上而没有得到中方有效遏制和惩罚的问题。例如最近因为日元贬值，日本今年以美元计价的GDP总量倒退了30年，而且德国可能会超过日本，日本会变成第四大经济体。这些都是日本自身的问题，不能把气撒到中国头上。中国也要反省，不能为日本的行径寻找理论根据，而应该对日方的倒行逆施进行有效的惩罚和遏制。
第三，他不赞同改善中日关系的重点是“加强对话”、“扩大交流特别是青少年交流”、“管控分歧”等提法，尤其反对“中日双方都各让一步”的“倡议”。
最后，在纪念中日邦交正常化五十周年之际，基于自身数十年对日工作客观经验和主观思考，吕小庆特别强调，改变中日关系“复杂多变、敏感脆弱”的异常特性，发展正常、健康、可持续的中日和平友好关系决不能搞三个对立：
一是决不能把坚持中日友好国策，与坚决反对日本右翼发华势力在历史问题上的倒行逆施对立起来。过分渲染和刻意淡化历史问题，都无助于历史问题的真正解决。
二是决不能把坚决捍卫我钓鱼岛及附属岛屿国家领土主权和发展利益，与发展和日本正常国家关系对立起来。过度紧张和麻痹大意，都不利于缓解中日在钓鱼岛海域的对峙状态。
三是决不能把旗帜鲜明地反对日本在涉藏涉疆涉港等方面粗暴干涉中国内政、事实上是鼓励怂恿其境内外反华分裂势力的行径，与维护中日关系大局对立起来。任由发展和消极回避，都对中日关系的现在和今后带来贻害无穷的恶果。 |
