蓝博洲认为，1949年之后才开始有了所谓的“台独”意识。1949年蒋介石到台湾之后开始搞土地改革，想借土改来拉拢台湾人口结构中最大多数的农民——佃农。通过土改，蒋介石政权一石三鸟，一方面拉拢了佃农支持，同时也打击了台湾的地主阶级、抽离了台湾共产党组织生存的社会条件。这样就造成台湾的地主阶级既“反共”，又反蒋，他们唯一的出路就是“走向独立”。也就是这时，“台独意识”才真正产生于台湾的地主阶级中。
“二十世纪六七十年代，这种‘台独’意识并不成气候，到了1988年李登辉上台后伴随着整个世界大形势与两岸关系变化，‘台独’才形成了今天这样的局面。”蓝博洲继续分析说，这根本就是暂时的，因为它并不是凭着理论去说服人，而是在不正常的历史阶段产生的乱象。只要正本清源地将过去的历史讲清楚，铲除“台独”意识根本不是问题。
蓝博洲所写的历史就有着这种“正本清源”的关怀。蓝博洲曾长期调查研究与书写中共地下党在台湾被肃清的历史，这些地下党并不是大陆派去的共产党员，而是台湾本省籍的共产党人，这些从未来过祖国大陆、没有摸过祖国大陆土地的人为何可以为革命献身？
蓝博洲认为，正是“二二八”使这些人对“白色祖国”失望，同时也认识到了还有另外一个进步的红色中国，他们才会参与到整个中国的革命中。这也具体说明“台独”并不是从“二二八”开始的。
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