在关岛“趴窝”了近两个月后，“罗斯福”号航母在5月下旬再次出海训练，随后开始继续执行印度-太平洋地区部署任务。6月21日，“罗斯福”号航母还与“尼米兹”号航母在菲律宾海开展双航母战斗群作战演练。
至于“罗斯福”号染上病毒的原因，美国海军最初认为航母可能是3月在越南港口停靠期间被传染的，但随后认定是来自其他舰艇的舰载机执行物资补给时将病毒一并带入并造成疫情大暴发，因为率先发病的不是曾离舰前往港口游玩的舰员，而是舰载机部队的两名士兵。但经过长达数月的调查，美军最终得出结论，基本认定是航母停靠越南港口时被感染。
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