1999年8月，在中科院软件研究所副所长孙玉芳等支持下，软件所成功研发了基于自由软件Linux的自主操作系统——红旗Linux1.0版。
芯片这一块，倪光南将希望寄托在了方舟科技这家公司身上。方舟科技有一支做CPU的完整技术队伍。在倪光南奔走下，方舟科技得到了政府部门的大力支持，投资名单里包括当时科技部863重大专项、信息产业部产业扶持基金等国家力量。2001年4月，中国人自己设计的第一块“方舟1号”CPU成功启动。此后，方舟科技又以这块CPU为基础，做出了瘦客户机NC的产品原型。
2001年12月，在北京市政府采购中，红旗Linux操作系统中标，永中、金山等国产软件也都进入采购名单。2002年，一些电脑厂家开始在产品上预装红旗Linux系统。那一年，时任中科红旗总裁的刘博表示，相比上一年，国内Linux系统的使用量已经增加了三四倍，达到了100万套。
华为鸿蒙发布当天，倪光南告诉新京报记者，在操作系统方面，不一定是我们技术比人家差，而是在生态系统的建设上更加难一些。因为发达国家先入为主，已经在市场中建立了一个完备的生态系统，新的生态系统必须通过市场的良性循环才能建立起来，这很不容易。
倪光南总结出上述经验的背后，是国产系统遇到的挫折。红旗Linux和方舟良好的势头背后隐藏着一个“要命的问题”：永中Office、金山WPS等国产办公软件均基于Linux开发，它们与微软Office存在着兼容性问题。而红旗linux又是个小众系统，由此带来的各种软件体验问题不容忽视。
2007年，微软向国际标准化组织提交了自己的Office标准OOXML，幷成为国际文档格式标准，Windows操作系统和Office软件在PC上进一步巩固了其压倒性的优势。2011年，永中科技破产，而红旗Linux虽然至今仍在更新，但所有权早已易手。
中国工程院院士沈昌祥认为，国产操作系统的尝试大多失败，主要原因在于投入不够、没有把握好需求以及硬件（芯片）支撑的不足。 |
