第三阶段是中日战略互惠关系的确定（2008年）。2008年5月6日至10日，时任国家主席胡锦涛对日本国进行国事访问。访问期间，胡锦涛主席同福田康夫首相就全面推进战略互惠关系达成共识，双方确认，增进政治安全互信对构筑中日战略互惠关系具有重要意义。双方决心全面推进中日战略互惠关系，实现中日两国和平共处、世代友好、互利合作、共同发展的崇高目标。双方决心正视历史、面向未来，不断开创中日战略互惠关系新局面。
双方确认，两国互为合作伙伴，互不构成威胁。中国自改革开放以来取得的发展给包括日本在内的国际社会带来了巨大机遇，日方对此表示积极评价。中国愿为构建持久和平、共同繁荣的世界作出贡献，日方对此表示支持。日本在战后60多年来，坚持走作为和平国家的道路，通过和平手段为世界和平与稳定作出贡献，中方对此表示积极评价。双方坚持通过协商和谈判解决两国间的问题。
虽然中日两国于2008年签署了《关于全面推进战略互惠关系的联合声明》，但随之中日关系经历了一系列挫折，战略互惠关系的推进也受到不利影响。如发生于2010年9月7日的“闽晋渔5179号”事件（隶属于福建省晋江市深泸镇的“闽晋渔5179号”拖网式渔船在钓鱼岛海域与日本海上保安厅舰艇相撞，船主吴天祝被日本非法拘押）以及2012年9月11日的野田内阁强施钓鱼岛“国有化”政策的事件，对正在实施中的中日战略互惠关系造成巨大冲击，呈现倒悬之危态势。
中日战略互惠关系存在波折与不确定性。面临困境，中日两国始终在摸索改善之道。2014年4月17日，中国外交部发言人华春莹表示，中方一贯重视在中日四个政治文件基础上与日本发展战略互惠关系，这符合两国人民利益，对整个地区和平发展也是有益的。4月28日，日本首相安倍晋三在官邸与即将访华的自民党副总裁高村正彦会谈，指示其转达希望恢复旨在扩大中日共同利益的“战略互惠关系”的意向。以2014年底中日达成改善关系的四点原则共识为起点，中日关系改善势头日趋明显。2016年9月习近平主席与参加杭州二十国峰会的安倍首相举行会晤。2017年习近平主席与安倍首相先后在德国汉堡与越南岘港两次会晤；2018年安倍首相与李克强总理实现停顿多年的中日首脑互访，同时开启中日第三方市场合作进程。
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