第二，增加了两岸关系发展的变数与复杂性。事件发生之后，大陆静待台湾方面负责任的说明和解释，对事件的反应可以说相当低调和克制，这一点连陆委会也承认；但民进党有些政治人物却指责大陆藉机进行政治炒作、向蔡政府施加政治压力。作为应该处理问题的一方，却去指责被飞弹针对的一方，是不应该的。这也说明蔡政府处理两岸关系的能力有待加强。经过这一事件，民共的政治互信不是加强了，而是弱化了；两岸关系的变数和不确定性不是减少了，而是增加了。
第三，突显两岸没有畅通的沟通联系机制的严重性和危险性，增加了蔡政府重构两岸政治基础的压力。事发之后，无论蔡政府还是社会各界，都强调两岸沟通机制的重要性，甚至不少人建议要建立两岸军事互信机制。但目前两岸沟通机制的中断，是由于大陆认为民进党没有承认九二共识，两岸没有共同的政治基础造成。对于台湾希望大陆释放善意，张志军7月6日说，坚持九二共识就是大陆最大的善意；过去几年两岸取得的成果有目共睹，事实证明，保持两岸关系和平发展和台海的和平稳定，必须坚持九二共识政治基础。笔者认为，这不能理解为大陆藉机施压，因为大陆的原则立场相当一致，在蔡政府执政之前就表达得很清楚，上台之后并没有改变或加码；蔡政府无论是要维持两岸现状，还是要持续推动两岸关系和平发展，包括重启两岸沟通联系机制，如何重构两岸共同的政治基础，是回避不了的问题。
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