袁持平表示，制度创新不仅是汲取其他地区的成功经验并进行借鉴的过程，也需要结合大湾区实际进行“摸石头过河”的探索。由此，粤港澳大湾区将存在三种层次的制度创新：引入型制度创新、类制度创新、创造型制度创新。
袁持平对三种层次的制度创新分别作出介绍：引入型制度创新是相对而言较为简单的制度创新，如“飞地经济”，就是一个国家或城市，如果在本土难以获得应有的发展机会，可以通过跨越空间的方法，在其他地区寻求发展空间，并将其在法律层面固化为这个国家或城市在一定时间内的独立管辖片区，例如深汕特别合作区、横琴岛澳门大学新校区、佛山顺德工业园、浙江衢州绿海飞地（深圳）产业园等。“飞地”模式具有前瞻性和巨大发展潜力，它能够在不改变敏感的城际土地行政权属前提下，最大限度地实现政府间的巨量土地使用空间整体转让，达到土地资源和能量运营的最佳整合。“飞地”经济的存在有益于大湾区内部突破城市间的行政藩篱，从大湾区的整体层面实现经济要素的最优分配，升级发达城市经济、拉动落后城市产业，从而形成高效率、高效能、高效益的发展。
类制度创新，就是在大湾区内地范围的特别区域内，有针对性的学习借鉴港澳的先进经验和措施，打造与港澳相通的制度环境，以此加深粤港澳的合作深度，激发大湾区的发展潜能。类制度环境必然会加快推进大湾区各个城市间的融合，通过引进港澳先进的发展理念、产业、投资、人才、管理，实现快速发展，这对于大湾区的长远、健康、合理发展都是非常重要的，例如深圳前海、广州南沙、珠海横琴等地。
创造型制度创新则以落马洲河套地区为典例，以打造科技创新合作区、建立有利于科技产业创新的国际化营商环境、实现创新要素便捷有效流动为功能定位。位于深港边境的落马洲河套创新园区如果能进一步结合深港相互优势，将可尽得“一国”之利，“两制”之便。
针对粤港澳大湾区土地利用制度创新，袁持平亦提出相关建议：一是从全局发展的长远角度规划发展。资源是有限的，土地、资金、人力、物力等资源应当尽可能放到最合适的区域。二是土地供应体系的战略导向。目前，学界对于粤港澳大湾区内的“飞地经济”有着极高的关注，重点都在于发达地区如何通过租借和划拨欠发达地区的土地，实现资源的有效配置，但是政策红利地区制度创新的先行先试也十分重要。三是土地立体化管理的配套措施。土地一体化开发利用，就是通对一定范围内的地块和道路、广场、绿地等用地的地上、地下空间进行统一规划、设计、建设、管理，从而构建整体最优的系统方案。通过地上地下立体空间规划统筹，实现土地的节约集约和综合高效利用。四是重视市场力量，逐步减少管制。粤港澳湾区的发展由政府主导作为主旋律，过多的政府力量也会形成僵化、复杂且低效的管理体系，要给予土地使用权所有者更多主权，支持土地使用权在市场力量主导下更自由流动。 |
