毫无疑问，现在的生物学家瞭解的南海生物，要比古代渔民和现代考古学家更多。不过，通过对古文化遗址的考古发掘，我们也瞭解一些居住在海边的古人类，他们所认识的生物。

　　海南落笔洞遗址发现的生物信息较为丰富。有如：脊椎动物：鱼类、陆龟、蟒蛇；鸟类的秃鹳、三亚鵟、鹧鸪、鹇、原鸡、鹌鹑、雉鸡、孔雀雉、緑孔雀、褐林鸮、蓝翡翠、蓝背八色鸫、红尾歌鸲、家燕；哺乳类的普通树鼩、棕果蝠、大马蹄蝠、马蹄蝠、黑鵟鞘尾蝠、翅蝠、鼠耳蝠、菊头蝠、赤腹松鼠、巨松鼠、皮氏毛耳飞鼠、普通鼩鼠、鼩鼠、田鼠、笔尾树鼠等。当时，落笔洞遗址的居民猎取的动物种类较为丰富，除了部分较小的爬行类、龟鳖类、鸟类动物外，主要以哺乳动物为狩猎对象，有较温顺的鹿、麂、水牛、羚羊等偶蹄目动物，也有凶猛的食肉目动物，如华南虎、豹、熊等较大型兽类，已能捕捉到大型的长鼻目亚洲象。此外还猎取灵长目、奇蹄目、翼手目、啮齿目等动物。其中猎取的小哺乳动物数量居多，约占出土动物遗骸的三分之二，这或许与当时动物的分布及人们的狩猎活动方式有关。

　　落笔洞遗址的先民活动时期，正是大理冰期后期结束，因气候渐暖和降雨量增加，给鱼类和贝类生物的繁殖提供了良好的自然条件，促进了这类水生动物兴盛起来。生态环境的变化必然影响当时人类的经济活动，带来了捕捞生产的兴旺发展。在洞穴遗存的堆积物中，发现了大量的水生软体动物遗骸，堆积十分密集，水生动物计有7目240种，其中螺殻约7万个之多，有些经火烧过。可见，当时的人们重视水生动物的利用，经常到三亚海湾和江边捕捞贝类水生动物，捕捞经济比较兴旺发达。

　　猎取的兽类动物和贝类生物，需要拾掇和加工，古人又制造出相应的加工工具。出土的小型石片石器数量不少，其刃边较有变化，有凹刃、凸刃、弧刃、直刃之分，主要工具有刮削器、石片、尖状器等，可以用来剥削兽皮、鱼鳞、贝殻和切割兽肉。小型工具的使用当同经济生活中进行食物加工有较密切的关系。

　　由于地处热带地区，十分有利于植物的生长发育，森林茂盛，植物种类繁多，且盛产热带瓜果。为当时的采集活动提供了良好的天然场所，众多的植物果实丰富了古人的食物来源，砍砸器、敲砸器、骨铲、角铲等工具可用来砍伐树枝和挖掘块茎之类的植物，有些工具上留有使用的痕迹。

　　从落笔洞出土的工具和动物残骸来看，当时主要还是采集经济，特别是在涨潮退潮时采集海边生物。

　　在落笔洞遗址之中，鱼骨发现很少，有学者推测，这是否反映当时的居民还未能制造鱼镖、鱼枪头等捕鱼工具和掌握编织渔网技术，难以在近海中泛舟张网捕鱼，仅能在临近江海滩边直接捞取螺、蚌类生物。

　　香港南丫岛深湾遗址是一处新石器时代晩期至靑铜时代的沙丘遗址。遗址的地层中出现鲈鱼、带鱼、猪、牛和马（？）骨，还发现部分贝殻，出土物中有不少于1449条断斑石鲈、228条硬头海鲶的鱼骨，还有石鲈科、眞鲷科、笛鲷科、鹦咀鱼、海鳗，还有箭猪、猪、海豚和大型鹿科动物兽骨和鱼骨，包括穿双孔的鲨鱼牙齿，鯆鱼的脊椎骨。该遗址之中还发现蓖麻种子和苋菜种。马湾东湾仔北遗址发现蚌刀和蚌饰物以及鱼骨制成的饰物。

　　进入新石器时代晩期，南海北岸的人类已经熟练地掌握海洋网鱼技术。遗址中大量捕鱼网坠出土，鱼骨的发现也常见于报道。

　　在澳门路环岛的谭公庙和天后古庙内都陈设有鲸鱼的椎骨和肋骨，有的肋骨长达3米多，村民当作镇庙之宝。当地人吿知，这些鲸鱼都是澳门路环岛附近搁浅的动物。

　　在新石器时代至靑铜时代的香港深湾遗址、鯆鱼湾遗址发现数以千计和百计的断斑石鲈、硬头海鲶的鱼骨。类似的情况在香港长洲岛西南岸的白鰽湾遗址也有发现：这里发现的断斑石鲈不少于341尾，硬头海鲶不少于40尾，还发现有龟殻、脊椎骨。陆生哺乳动物小鹿、猪、狗和海洋哺乳动物海豚也是先民的食物资源。

　　其实，鱼类骨头发现较少的情况在南海北岸及其岛屿的诸多沙丘遗址与贝丘遗址中较为普遍，但不能因此认为捕鱼经济不是当时的主要经济活动。例如，宝镜湾遗址，该遗址之中出土大量网鱼用的网坠、沉石和一些可能用于船上的石锚，足以说明当时捕鱼经济十分发达，但是这个遗址之中至今尙未发现鱼骨。